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蛋白质组学技术平台
文章来源:本站 更新时间:2012/11/27 14:35:40

 

 

实验室自2003年12月组建以来,在科研平台建设方面实现了跨越式发展,建立了完善的蛋白质组学研究的技术平台。实验室已成为实验条件优越、技术较全面、在国内外有一定影响的肿瘤蛋白质组学研究的重要基地。
 
 
 
 
 
蛋白质组学研究硬件平台
 
 
蛋白质组学研究技术平台
 
卫生部肿瘤蛋白质组学重点实验室专注于为提供高效优质的蛋白质和蛋白质组分析技术服务与支持。
目前,蛋白质组学技术平台现配备了大型专用仪器设备:
 
1、双向凝胶电泳(2DE):
双向凝胶电泳的原理是第一向基于蛋白质的等电点不同用等电聚焦分离,第二向则按分子量的不同用SDS-PAGE分离,把复杂蛋白混合物中的蛋白质在二维平面上分开。近年来经过多方面改进已成为研究蛋白质组的最有使用价值的核心方法。
 
2、荧光差异双向凝胶电泳:2D-DIGE
DIGE技术是经典2D(双向)电泳技术的成熟与完善,通过三色荧光染料分别对内标和生物样本进行标记,能够在一张2D胶上对两个样本的多种蛋白质进行分离,并分别单独成像,应用DeCyder 2D软件分析图像,得到蛋白表达量的丰度变化,根据数据分析结果准确地发现差异蛋白。使用内标、正反标的实验设计有效消除胶内和胶间差异,结果准确、可靠、重复性好全自动软件分析对蛋白质表达量进行校准,降低由实验因素、数据分析和生物种群间固有个体差异等引起的系统误差至最小,确保定性的准确度。
 
3、基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)
主要用于多肽/蛋白质分子量测定及鉴定等。仪器主要性能:(1)高通量,每小时可分析400个样品;(2)高灵敏度,离子聚焦透镜技术提高灵敏度;(3)高分辨率的母离子选择;(4)高能CID高效产生碎片离子;(5)亚稳态离子抑制。
服务项目:(1)分子量测定;(2)溶液内纯蛋白质鉴定;(3)胶内纯蛋白质鉴定;(4)目标多肽分子量和测序。
 
4、液相色谱-电喷雾线性离子阱质谱(LC-ESI-QTOF)
主要用于蛋白质鉴定,蛋白质混合物分析等。
仪器主要性能:
(1)使用液相色谱与质谱串联,能很好分离多肽混合物,对复杂蛋白质的鉴定很有优势;
(2)可进行串联质谱测定;
(3)对蛋白质的鉴定更加迅速和准确;
(4)使用自动数据依赖的中性丢失质谱分析可对蛋白质和多肽的磷酸化位点进行分析;
(5)灵敏度可达埃摩尔级;
(6)自动智能的数据处理能力。
服务项目:
(1)1D胶条带蛋白质鉴定;(2)溶液内蛋白质鉴定。
 
 
 
 
 
蛋白质组学数据分析-ImageMaster 2D Platinum凝胶分析技术
 
专为蛋白质双向凝胶电泳图像分析设计的智能软件,与其他软件相比,拥有一目了然的显示方式和操作界面,极高的运算速度和精确性,使得研究者能够在上千个蛋白质点的凝胶中快速筛选出具有差异表达的蛋白质点。Image Master Platinum软件可以用于分析普通双向电泳凝胶和DIGE凝胶,鉴定差异蛋白斑点。
简洁强大的分析功能;卓越的蛋白找点和过滤功能;扩展的凝胶匹配功能;高级的统计学鉴定蛋白表达差异;多样化的结果输出;采用多种表格和图形进行丰富的数据展示;同时展示多块凝胶的3D视图;安全、稳定的数据管理。
 
 
蛋白质组学数据分析-基于质谱数据的蛋白质鉴定软件MASCOT
目前蛋白质组学的核心研究方法是基于凝胶电泳以及高效液相色谱(HPLC)分离技术以及质谱分析方法。Mascot软件工具是针对质谱数据,利于分子序列数据检索的方法来鉴定样本中蛋白质的组成以及翻译后修饰。这种针对蛋白质或核酸序列数据库的检索需要高强度的计算过程,并需要复杂的统计学算法,才能得到快速且准确的分析结果。Mascot已经成为目前该领域研究应用的标准。

通过一个整合的软件包,同时支持目前主流的三种检索算法;通过特有的基于实概率的打分方法,支持标准统计显著性检验分析;可用于检索任何FASTA数据库,包括蛋白质数据库、EST数据库以及基因组数据库;无须耗时即可建立检索目录,无论是否基于酶的特异性,对于特异性的化学修饰或翻译后修饰的鉴定均非常灵活;支持几乎所有常用的质谱仪输出的数据格式;通过界面友好的客户端支持自动提交检索任务;支持所有的Web浏览器,提交概述性以及详细的结果报告,并且配以详尽的在线帮助文档,以帮助用户理解分析结果。